10X genomics 提供了全面的單細胞免疫分析方案，可以在單細胞細胞基礎上同時檢測人類或小鼠的適應性免疫反應和數以萬計的 T 細胞和 B 細胞的免疫系統。通過精簡的工作流程，可以實現從樣品到文庫準備、免疫測序和軟件分析全套解決方案，揭示 T 和 B 細胞多樣性、V(D)J 重組和免疫細胞分析。

單細胞免疫組庫檢測平臺

單細胞免疫組庫測序流程

應用領域

基礎免疫學

腫瘤免疫和免疫治療

自身免疫性疾病和炎癥性疾病

傳染病和疫苗研究

移植和免疫重建

樣本要求

類型：細胞系，原代細胞，新鮮組織等

來源：血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等

樣本量：細胞 >1x105  細胞 / 樣本

細胞活率：大于 80%，越高越好

數據量：5K read pairs/cell

數據分析

數據過濾及統計：

保留只含有一對 TRA 和 TRB 且測到 RNA 表達的細胞進行后續分析。

樣本間 VJ 使用情況比較：

每個樣本分別取 α 和 β 排名前十的 VJ 組合，所有樣本取并集畫 VJ 使用率熱圖。

對比不同樣本的 VJ 使用情況可以看到 VJ 使用的特異性。

多樣性指數等統計

對樣本進行多樣性分析，多樣性指數和均一度如下表所示：

不同細胞類型的克隆擴增分析  

結合單細胞 RNA 測序的注釋結果，對每個樣本針對不同類型的細胞群進行克隆擴增分析。如下餅圖，針對不同的克隆擴增（n=1,n=2,n>=3）情況分別統計，不同顏色表示不同類型的細胞類型所占比例。

案例解析

題目：人類免疫細胞發展以及瘤內 T 細胞衰竭大規模平行單細胞染色質景觀分析

原發腫瘤上皮細胞與內源性同系腫瘤浸潤淋巴細胞（TILs) 作為內聚單位的共培養尤其難以實現。研究人員運用空氣 - 液體界面（ALI) 方法從 >100 個人活組織切片或小鼠腫瘤中培養出患者來源的器官樣體（PDOs)，在具有同基因免疫能力的宿主中作為腫瘤上皮細胞，并嵌入天然免疫細胞。10X Genomics Chromium 平臺通過同時檢測基因表達及免疫組庫圖譜發現，PDOs 腫瘤浸潤淋巴細胞準確地保留了原發腫瘤 T 細胞受體（TCR) 的圖譜。至關重要的是，人類和小鼠的 PDOs 成功地通過 anti-PD1 和 / 或 anti-PDL1 擴展和激活腫瘤抗原特異性腫瘤浸潤淋巴細胞并誘導腫瘤細胞毒性來模擬免疫檢查點阻斷（ICB)。內源性免疫基質與原發腫瘤上皮細胞的有機融合促進 TME 內的免疫腫瘤學研究，并促進個性化免疫治療檢測。

免疫細胞的 5'V(D)J 和 5'RNA-seq 檢測

原文出處：Neal J T, Li X, Zhu J, et al. Organoid modeling of the tumor immune microenvironment[J]. Cell, 2018, 175(7): 1972-1988. e16.

-END-