在這 6 篇文章中，作者都是從 DNA 甲基化變化的角度聯(lián)合其他組學(xué)內(nèi)容共同揭示疾病發(fā)生的分子機(jī)制以及早篩標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)（腸炎、青少年骨髓單核細(xì)胞白血病、肉瘤、慢性肺阻塞、肺癌和多囊卵巢綜合癥），對(duì)后續(xù)想要做甲基化方向研究的老師，具有很好的參考價(jià)值。小編在文末附表中也列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時(shí)間、技術(shù)平臺(tái)和摘要等信息，讓您不用再費(fèi)時(shí)費(fèi)力搜索，就能輕松獲取 01 月新的 DNA 甲基化研究成果和動(dòng)態(tài)，平均 IF>10。
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標(biāo)題：血液來(lái)源的 CD8+ T 細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄和 DNA 甲基化模式與年齡和炎癥性腸病有關(guān)
時(shí)間：2021/01
單位：劍橋大學(xué)
期刊：Gastroenterology（IF 17.373）
平臺(tái)：850K、全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
摘要：據(jù)報(bào)道，CD8 + T 細(xì)胞的基因表達(dá)模式與成人炎癥性腸病（IBD）的臨床結(jié)局相關(guān)。因此，作者收集了 112 例新診斷為 IBD 兒童（71 例克羅恩病和 41 例潰瘍性結(jié)腸炎）和 19 例無(wú) IBD 兒童（對(duì)照）的外周血樣本以及臨床和預(yù)后相關(guān)信息，對(duì)上述報(bào)道進(jìn)行進(jìn)一步驗(yàn)證。研究人員將外周血中經(jīng)磁珠分選出的 CD8 + T 細(xì)胞使用 Affymetrix 和 850K 分別進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（n = 192）和 DNA 甲基化檢測(cè)（n = 66），得到的結(jié)果與數(shù)據(jù)庫(kù)中成年 IBD 患者 / 健康隊(duì)列的 CD8 + T 細(xì)胞數(shù)據(jù)同時(shí)進(jìn)行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，僅在成人 IBD 患者與成人隊(duì)列中檢測(cè)到先前報(bào)道的 CD8 + T 細(xì)胞的預(yù)后表達(dá)和衰竭特征，然而在兒童與第二成人 IBD 隊(duì)列中均未檢測(cè)到相關(guān)特征。此外，在所有 IBD 隊(duì)列中都檢測(cè)到 CD8 + T 細(xì)胞基因表達(dá)與年齡和性別之間存在關(guān)聯(lián)。在非 IBD 對(duì)照隊(duì)列中，CD8 + 基因轉(zhuǎn)錄與 IBD 顯著相關(guān)。同時(shí)，患有克羅恩氏病兒童的 CD8 + T 細(xì)胞的 DNA 甲基化特征與年齡相關(guān)，但與疾病結(jié)局無(wú)關(guān)。綜上，研究人員在該項(xiàng)實(shí)驗(yàn)中未能驗(yàn)證出先前報(bào)道的 CD8 + T 細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄與 IBD 疾病結(jié)局存在相關(guān)性的發(fā)現(xiàn)。該項(xiàng)目為 IBD 患者開發(fā)預(yù)后生物標(biāo)志物提供了重要的數(shù)據(jù)支持。
標(biāo)題：DNA 甲基化分型在青少年髓單核細(xì)胞白血病中的應(yīng)用
時(shí)間：2021/01/01
單位：德國(guó)癌癥研究中心
期刊：Clin Cancer Res（IF 10.107）
平臺(tái)：GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)
摘要：已知的臨床與遺傳標(biāo)志物在預(yù)測(cè)少年骨髓單核細(xì)胞白血病（JMML）的病程和結(jié)局方面存在一定的局限性。在多項(xiàng)研究中，JMML 中的 DNA 甲基化模式與結(jié)局相關(guān)，表明它可以作為一種生物標(biāo)志物來(lái)改善患者分類。然而，目前還缺乏根據(jù) DNA 甲基化模式對(duì) JMML 進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化分類的方法。因此，作者首先定義了一個(gè)國(guó)際共識(shí)的 JMML 中的 DNA 甲基化亞組，再開發(fā)用于臨床實(shí)踐中的 JMML 的分類方法。該項(xiàng)研究通過(guò)收集 GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)中 255 例 JMML 患者的 DNA 甲基化數(shù)據(jù)用于開發(fā)和內(nèi)部驗(yàn)證 DNA 甲基化分類器模型。作者首先確定了三個(gè) JMML 的 DNA 甲基化亞型，并利用開發(fā)出的 DNA 甲基化分類器在不同技術(shù)平臺(tái)進(jìn)行驗(yàn)證，準(zhǔn)確率大于 98%。用獨(dú)立隊(duì)列對(duì)該分類器驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)高甲基化亞組與繼發(fā)突變，高復(fù)發(fā)率和較差的總體生存率（OS）相關(guān)，而低甲基化亞組則與良好的病程相關(guān)。多變量分析發(fā)現(xiàn) DNA 甲基化亞組是預(yù)測(cè) OS 的重要因素。總的來(lái)說(shuō)，該項(xiàng)研究提供了一個(gè)國(guó)際共識(shí)的 JMML 的 DNA 甲基化亞組，并開發(fā)了一種有助于 JMML 臨床分組的方法。
標(biāo)題：DNA 甲基化分型在肉瘤分類中的應(yīng)用
時(shí)間：2021/01/21
單位：德國(guó)海德堡大學(xué)
期刊：Nat Commun（IF 12.125）
平臺(tái)：450K、850K
背景：肉瘤是影響成年人，青少年和兒童的惡性軟組織和骨腫瘤。其腫瘤形態(tài)各異，且一些腫瘤組織缺乏明確的組織病理學(xué)特征。因此，肉瘤的診斷在臨床中具有很高的變異性和誤分率。研究團(tuán)隊(duì)基于 450K、850K 甲基化芯片得到的數(shù)據(jù)，使用機(jī)器學(xué)習(xí)分類器算法展示了軟組織和骨腫瘤的分類。對(duì)該肉瘤分類模型使用了 1077 個(gè)具有明確表征病例的甲基化數(shù)據(jù)集進(jìn)行訓(xùn)練，其中涵蓋 62 個(gè)腫瘤甲基化亞型。接著，作者在 428 個(gè)肉瘤性腫瘤隊(duì)列中驗(yàn)證該肉瘤分類模型的性能，發(fā)現(xiàn)有 322 例肉瘤可被正確分類。這項(xiàng)研究結(jié)果證實(shí)了基于 DNA 甲基化的肉瘤分類模型在研究和未來(lái)診斷應(yīng)用中的潛力。
標(biāo)題：慢性阻塞性肺疾病中的肺 DNA 甲基化與吸煙狀況和氣流受限嚴(yán)重程度的關(guān)系
時(shí)間：2021/1/1
單位：西班牙馬德里生物醫(yī)學(xué)研究中心
期刊：Am J Respir Crit Care Med（IF 11.557）
平臺(tái)：850K、RNA-seq、焦磷酸測(cè)序
摘要：吸煙是慢性阻塞性肺病（COPD) 發(fā)生的主要環(huán)境風(fēng)險(xiǎn)因素。然而，盡管吸煙會(huì)引起肺部的轉(zhuǎn)錄組和表觀遺傳發(fā)生改變，但并不是所有的吸煙者都會(huì)患上該疾病，且其致病原因也還不清楚。DNA 甲基化會(huì)調(diào)控基因表達(dá)發(fā)生改變。先前的研究報(bào)道過(guò)吸煙引起的 COPD 相關(guān)的甲基化差異模式，但沒有研究它們與肺組織氣流受限嚴(yán)重程度的關(guān)系。這項(xiàng)研究中，作者使用新的 850K 平臺(tái)對(duì) 189 個(gè)樣本進(jìn)行檢測(cè)，以探討一下兩方面的問(wèn)題：(1) 肺甲基化變化、氣流受限的嚴(yán)重程度和吸煙之間的關(guān)系；(2) 同一個(gè)體的肺甲基化和轉(zhuǎn)錄組變化趨勢(shì)。
標(biāo)題：基于多分析物液體活檢的無(wú)創(chuàng)肺癌診斷和預(yù)后
時(shí)間：2021/01/29
單位：北京大學(xué)
期刊：Mol Cancer（IF 15.302）
平臺(tái)：外顯子捕獲測(cè)序、甲基化捕獲測(cè)序、WGBS
摘要：肺癌（LC）是目前世界上死亡率高的癌癥類型，因此，高精度診斷 LC 的不同發(fā)病階段對(duì)預(yù)后具有重要影響。但是，由于患者通常在早期沒有癥狀，因此及時(shí)檢測(cè) LC 仍然很困難。低劑量計(jì)算機(jī)斷層掃描（LDCT）是目前廣泛推薦的 LC 篩查方法，但它具有放射風(fēng)險(xiǎn)，并且在檢出的結(jié)核中僅一小部分是真正的肺癌。在臨床實(shí)踐中，將惡性腫瘤與良性孤立性肺結(jié)節(jié)區(qū)分開來(lái)仍然是一項(xiàng)挑戰(zhàn)，因此建立無(wú)創(chuàng)診斷方法十分重要。TNM 分期目前仍是肺癌預(yù)后診斷中使用廣泛的方法。因?yàn)榉制诮M中生存率具有變異性，所以尋找其他預(yù)后參數(shù)十分必要。癌癥驅(qū)動(dòng)基因突變狀態(tài)和表達(dá)特征，已被認(rèn)為與 LC 的預(yù)后有關(guān)。同時(shí)，有新的證據(jù)支持表觀遺傳改變具有十分重要的預(yù)后價(jià)值。在癌癥患者血漿中的循環(huán)腫瘤 DNA（cfDNA）對(duì)非侵入性的癌癥診斷具有重要的價(jià)值。但是，由于 ctDNA 被大量非癌起源的 cfDNA 稀釋，尤其是在腫瘤體積較小的癌癥早期階段，其檢測(cè)方法具有重大挑戰(zhàn)。在這項(xiàng)研究中，作者開發(fā)了一套實(shí)驗(yàn)和分析工具，通過(guò)使用高通量測(cè)序方法測(cè)量 LC 患者以及患有良性肺結(jié)節(jié)患者血漿 cfDNA 的 DNA 突變和 DNA 甲基化信號(hào)，旨在探索血液生物標(biāo)志物在 LC 診斷和預(yù)后中的潛在用途。
標(biāo)題：多囊卵巢綜合征能夠通過(guò)跨代的表觀遺傳過(guò)程傳播
時(shí)間：2021/01/29
單位：法國(guó)里爾大學(xué)
期刊：Cell Metab（IF 21.567）
平臺(tái)：MeDIP-seq、RNA-seq
摘要：多囊卵巢綜合癥（PCOS）是影響女性生殖常見的生殖和代謝疾病。PCOS 具有很強(qiáng)的遺傳性，但其發(fā)病機(jī)理尚不清楚。在這項(xiàng)研究中，研究人員對(duì)來(lái)自對(duì)照組和第三代 PCOS 樣小鼠的卵巢組織進(jìn)行了 RNA 測(cè)序和全基因組 DNA 甲基化分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，DNA 低甲基化能夠調(diào)節(jié)與 PCOS 相關(guān)的關(guān)鍵基因，且與健康對(duì)照組相比，患有 PCOS 的女性血液樣本中的一些差異甲基化基因也發(fā)生了改變。研究人員用甲基供體 S - 腺苷甲硫氨酸處理了 PCOS 小鼠模型，結(jié)果發(fā)現(xiàn)其甲基化程度升高能夠緩解 PCOS 小鼠的轉(zhuǎn)錄組，神經(jīng)內(nèi)分泌和代謝缺陷。
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