環(huán)狀 RNA (circRNAs) 是共價封閉的長鏈非編碼 RNA，在多種細胞活動和多種人類疾病中具有重要作用。在雙鏈 DNA 病毒（dsDNA) 中已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了幾種與癌癥相關的病毒 circRNA。研究人員通過計算預測來自病毒感染相關 RNA 測序數(shù)據(jù)的病毒 circRNA，對 23 個病毒物種的 11924 個 circRNA 進行了系統(tǒng)調(diào)查。除了 dsDNA 病毒外，研究還揭示了單鏈 RNA 病毒和逆轉(zhuǎn)錄病毒中的大量 circRNA，如寨卡病毒、甲型流感病毒、扎伊爾埃博拉病毒和人類免疫缺陷病毒。
數(shù)據(jù)庫 VirusCircBase
大多數(shù)病毒 circRNA 在反向剪接位點的側(cè)翼序列上具有反向互補序列或重復序列。大多數(shù)病毒 circRNA 只在特定物種的特定細胞系或組織中表達。功能富集分析表明，dsDNA 病毒的病毒 circRNA 參與了與癌癥相關的 KEGG 通路。本研究中展示的所有病毒 circRNA 都整理在 VirusCircBase 中，該數(shù)據(jù)庫可在 http://www.computationalbiology.cn/ViruscircBase/home.html 免費獲得，是病毒 circRNA 數(shù)據(jù)庫。此外，研究人員利用 TarPmiR 預測 miRNA 和 circRNA 之間的潛在相互作用。對于每個 circRNA，都提供了可能與 circRNA 相互作用的 miRNA。并給出了相互作用概率和相互作用區(qū)域。
數(shù)據(jù)庫內(nèi)檢索方式
在數(shù)據(jù)庫中可以通過 browse 來進行 circRNA 的搜索，包括可以在病毒所屬的 family 層面和病毒核酸類型（group）來進行搜索。
單擊相應的病毒即可得到該病毒的 circRNA 信息，以 Human betaherpesvirus 5 病毒為例，可以搜索到 3612 個 circRNA，包括名字，病毒的基因組信息，circRNA 的位置信息，circRNA 所屬的基因 name，檢測到該 circRNA 的 junction reads 數(shù)，預測出該 circRNA 的方法，以及該病毒的宿主等信息。
據(jù)報道，多種病毒 circRNA 在癌癥的進展中起重要作用。例如，人乳頭瘤病毒中的病毒 circRNA E7 (CircE7) 被 m6A 修飾，編碼 E7 蛋白，可以調(diào)控癌細胞的增殖。同時 circRNA 可以作為 miRNA 的吸附海綿，來調(diào)控 mRNA 的表達，進而影響疾病的發(fā)生發(fā)展。那么病毒產(chǎn)生的 circRNA 是否可以通過吸附宿主的 miRNA，進而來調(diào)控宿主的基因表達呢？該數(shù)據(jù)庫也提供了病毒 circRNA 和宿主 miRNA 結(jié)合的數(shù)據(jù)，包括病毒 circRNA name，宿主 miRNA name 以及兩者的結(jié)合位點，及預測的可能性（%）。
總結(jié)
VirusCircBase 是在公共衛(wèi)生背景下進一步探索和研究病毒 circRNA 的基礎圖譜，也為研究病毒和宿主之間的相互作用提供了研究基礎。
參考文獻：Zena C , Yunshi F , Zheng Z , et al. VirusCircBase: a database of virus circular RNAs[J]. Briefings in Bioinformatics.
ceRNA 研究利器 -Shbio ceRNA 芯片
Shbio ceRNA 芯片自推出以來，助力伯豪客戶發(fā)表了多篇高分文章。來自天津平津醫(yī)院的研究團隊借助 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 篩選膠質(zhì)母細胞瘤（GBM）中特異高表達的 circRNA/lncRNA，通過進一步的分子機制及功能研究發(fā)現(xiàn) circNT5E 能夠作為 miRNA-422a 的海綿吸附體，抑制其活性，進而影響膠質(zhì)母細胞瘤的腫瘤發(fā)生。來自天津的另一研究團隊利用 Shbio human ceRNA 芯片 V1.0 檢測胃癌病人血漿外泌體中關鍵的 circRNA，通過一系列的研究發(fā)現(xiàn)外泌體中的 circRNA ciRS-133 可以通過靶向 miR-133/PRDM16 途徑促進白色脂肪褐變。
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