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代謝組學 | 一篇文章告訴你如何收集樣本!
發布時間:2020-04-23 瀏覽次數:11456
之前我們略述了代謝組學的課題設計,按照設計的思路進行實驗后,就需要進行代謝樣本的收集了。今天咱按照不同類型的樣本,給大家提供一點收集的建議。

之前我們略述了代謝組學的課題設計,按照設計的思路進行實驗后,就需要進行代謝樣本的收集了。今天咱按照不同類型的樣本,給大家提供一點收集的建議。

一、針對細胞類型樣本,可分為四類如下:

1、貼壁細胞


2、懸浮細胞


3、微生物

4、 胞外代謝產物


四類細胞樣本處理方法如下:

1、貼壁細胞

去除培養基,采用預冷的 PBS 清洗 2 - 3 次,離心棄去上清,加入 1ml 60% 冷甲醇,把培養容器中的所有細胞都刮取干凈,收集在 1.5ml 離心管中,液氮速凍后 -80°C 保存。

2、懸浮細胞

離心收集懸浮細胞,用預冷的 PBS 清洗 2 - 3 次,離心棄上清,收集細胞于 1.5ml 離心管中,液氮速凍后 -80°C 保存。

3、微生物

取生長對數后期的或者穩定期中段的微生物,低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),沉淀微生物,去掉上清液,放入液氮中或 -80°C 保存。

4、胞外代謝產物

培養基上清收集后液氮淬滅,凍干處理后 -80℃保存。


二、針對植物樣本可按部位分為根、莖葉、果實及培養液等,其樣本處理方法如下:

1、根

取植物的根部 50mg 以上,用 PBS 漂洗掉根上的泥土后用吸水紙吸掉多余水分,裝入離心管,立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。


2、莖、葉、花等

參照實驗設計取特定組織部位 50mg 以上。用錫箔紙包裹并標記后,立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。


3、果實

將同組的植株種子混勻后分裝 50mg 以上至凍存管中,立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。(如果果實外殼較硬,需要用粉碎機打碎過篩。)


4、植物培養液

直接低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清液,移至 1.5mL 離心管,200μL 分裝后,于 -80°C 下保存。



三、針對臨床和動物類型樣本,其樣本處理方法如下:

主要可分為體液(血清、血漿、尿液、淚液、腦脊液等)和組織類型(肝臟、腫瘤、肌肉、糞便等)等,處理方法如下:

1、血清

血液收集在不含抗凝劑的離心管中 4°C(或冰浴)靜置 1h 進行凝固分層,低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清轉移至干凈的離心管中。取上清分裝到 1.5mL 離心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。


2、血漿

使用肝素鈉抗凝管采集全血,輕輕搖晃采血管(避免紅細胞破裂)使抗凝劑和血液充分混合,低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),取上清液分裝到 1.5mL 離心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。


3、尿液

取稱取中段尿到離心管中,低溫離心(4°C, 12000rpm, 10min),吸取澄清尿液分裝到 1.5mL 離心管中,每管 0.2mL,于 -80°C 下保存。



4、糞便 & 腸道內容物
取新鮮糞便或內容物,分裝樣本到離心管中,每管 50mg 以上,后立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。


5、組織(肝臟、腫瘤、肌肉等)

根據實驗設計取特定組織部位,如果組織上有血液殘留,用生理鹽水將其漂洗掉,按照 100 mg/ 樣本裝入凍存管中;后立即用液氮速凍處理 15min,于 -80°C 下保存。


以上是主要常見的幾種樣本類型采集方式啦,不過生物樣本類型多樣,童鞋們有其他類型的樣本不確定如何收集可與我們直接溝通~

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